公司设有水利工程一部、水利工程二部、水保环境部、生态工程部、数字工程部、工程管理部、勘察测绘部7个生产部门，以及综合发展部、财务部、总工办3个管理部门。现有衢江分公司、常山分公司、松阳分公司、成都分公司4个分公司。